Insegnamento mutuato da: B029493 - PROTEOMICA E TRASCRITTOMICA COMPUTAZIONALE CON LABORATORIO Laurea Magistrale in BIOTECNOLOGIE MEDICHE E FARMACEUTICHE
Lingua Insegnamento
Italiano
Contenuto del corso
Tecniche di preparazione dei campioni. Microarray e RNAseq. Banche dati in trascrittomica. Proteomica bidimensionale e shotgun. Banche dati per la proteomica. Preprocessamento dati grezzi. Vista integrata sui pathway biologici. Analisi mediante gene list. Analisi topologica. Analisi temporale e dinamica.
Lo studete imparerà i dettagli tecnici delle metodiche nonchè le peculiarità anaitiche che esse pongono. Inoltre lo studente prenderà confidenza con il computer mediante l'applicazione di programmi, pipeline e script di analisi dedicati.
Metodi Didattici
Lezioni frontali ed esercitazioni al computer
Altre Informazioni
Il corso si propone di approfondire lo studio dei comportamenti di cellule e tessuti attraverso due scienze -omiche, tracrittomica (microarray, RNA-seq) e proteomica (bidimensionale e shotgun) che permettono di fotografare e quantificare la complessa rete di relazioni che orchestrano la vita a livello molecolare. Verranno perciò in una prima parte fornite nozioni sulla preparazione dei campioni e sulle tecniche utilizzate, poi verranno introdotti i concetti computazionali specifici per l’estrazione dell’informazione da queste metodiche e infine verranno presentate le principali tecniche informatiche in grado di interpretare tali informazioni ed individuare i processi attivi nei vari campioni analizzati. Il corso prevede numerose esercitazioni in cui lo studente imparreà l’ambiente statistico R e i pacchetti BioConductor, seguendo un percorso guidato attraverso la complessità delle possibili analisi. Il corso sarà fortemente integrato con gli altri moduli del curriculum computazionale in modo che lo studente possa cogliere appieno le potenzialità degli approcci -omici e approfindire la complessità dei processi biologici cellulari, la cosiddetta biologia integrativa.
Modalità di verifica apprendimento
L'esame sarà orale e prevederà domande di conoscenza delle tematiche tattate, sia teoriche che paratiche. Verrà proposto un ipotetico esperimento omico e si chiederà come analizzare i dati da esso risultanti in base a richieste specifiche.
Programma del corso
Tecniche di preparazione per RNA e proteine.
Microarray e RNAseq: tecnologie e peculiarità
Principali banche dati per la trascrittomica
Estrazione dell’informazione da dati trascrittomici
Proteomica bidimensionale e shotgun: tecnologie e peculiarità
Principali banche dati per la proteomica
Estrazione dell’informazione da dati proteomici
Introduzione ai pathway biologici e di interazione: banche dati e strutture dati.
Analisi funzionali mediante gene list.
Analisi topologica basata su pathway e network
Analis temporale e dinamica dei processi biologici